Вот список ключей реестра где могут быть эти программы.
TuneUp находит далеко не всё

Конечно есть и специальные программки для управления загрузкой, причём весьма продвинутые, но лучше пользоваться или ввыодом команды msconfig
или почитсить следующие ключи реестра:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\Run
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\RunOnceEx
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\RunServices
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\RunServicesOnce
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curre ntVersion\Run
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curre ntVersion\RunOnce
HKEY_USERS\.DEFAULT\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Cur rentVersion\Run
HKEY_USERS\.DEFAULT\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Cur rentVersion\RunOnce
Также ещё могут быть спрятаны, но это старый способ в Win.ini