хорошый ман, ... тоже самое (почти - без указания конкретных пакетов) мааааленькая тулза: emerge ufed - пробелом кликаешь нужные флаги(по аглицки справа описания флага) - после выхода выделенные заносятся автоматом в /etc/make.conf в раздел USE=""
PS могу ошибаться с названием пакета udef или ufed
